Mustafa Kemal Atatürk, Florya Deniz Köşkü'nde yaşamının son dönemlerinde, 1936 yılının Haziran ve Temmuz aylarında uzunca bir süre yaşamıştır .
Köşk, Atatürk tarafından yalnızca yazlık dinlenme köşkü olarak değil, aynı zamanda ağırlıklı olarak bir Cumhurbaşkanlığı Çalışma Ofisi olarak kullanılmıştır . Atatürk, hükümetin çalışmalarını buradan takip etmiş ve gerektiğinde Bakanlar Kurulu'nu toplantıya çağırmıştır .
Atatürk, boş zamanlarında manevi kızı Ülkü Adatepe ile vakit geçirmiş ve köşkü bu keyifli anlara sahne olmuştur .
Atatürk, 28 Mayıs 1938'de son kez köşke gitmiş, sağlık durumunun ağırlaşmasından sonra bir daha buraya dönememiştir .
Köşk, Atatürk'ün ölümünden sonra da sırasıyla Cumhurbaşkanları tarafından 1988 yılına kadar yazlık dinlenme yeri olarak kullanılmıştır .
1993 yılından itibaren "Florya Atatürk Deniz Köşkü" adı altında Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığı bünyesinde "müze köşk" olarak kültür hizmetine sunulmuştur .